Simon, thèse et carrière

Je vais poursuivre mon stage à l'INSERM par une thèse, sous la direction de la même responsable et sur un poste d'ingénieur d'études à partir de 1er octobre. Il s'agit d'un CDD de 15 mois, qui devra être complété par d'autres sources de financement. J'ai décidé de faire ainsi car une bourse de thèse de l'Etat ne me permettrait pas de vivre correctement à Paris.

Simon a soutenu sa thèse le 26 novembre 2010.

J'ai effectué mon stage dans un laboratoire INSERM d'imagerie médicale, sur les simulations Monte Carlo, appliquées à la TEP (tomographie d'émission de positons). Dans ce cadre, ce type de méthode est utilisé pour modéliser le transport et les interactions des particules dans le patient et dans les détecteurs.

Suite à ce stage, je me suis orienté vers une thèse en continuant sur ce même sujet, tout en diversifiant les applications potentielles des simulations Monte Carlo en TEP. Cette thèse a été effectuée au sein d'un laboratoire IN2P3 (IMNC : http://www.imnc.in2p3.fr/). J'ai eu l'occasion d'utiliser et de prendre part au développement du logiciel GATE (http://opengatecollaboration.org/), leader actuel en simulation de tomographie d'émission. Les deux axes principaux de mon travail ont consisté à utiliser ce logiciel pour pousser les limites du réalisme des simulations d'acquisitions TEP de patients, et pour optimiser les performances quantitatives d'algorithmes de reconstruction tomographique d'images TEP, issues des données d'acquisitions.

La réalisation de ces objectifs a nécessité un grand nombre de développements algorithmiques (programmation informatique), que ce soit pour étoffer, compléter, et/ou adapter le logiciel GATE à des besoins particuliers, ou bien pour construire tout un ensemble d'outils pour le traitement, l'analyse et la gestion des données d'acquisitions, et des images. Par ailleurs, le dimensionnement des calculs relatifs au domaine a nécessité (et nécessite toujours !) une programmation parallèle et très optimisée, des outils. Ceux-ci sont executés la plupart du temps sur des architectures de calcul distribuées, comprenant entre 50 et 1000 unités de calcul. Les compétences acquises au cours du master "Modélisation et Calcul Scientifique" m'ont donc été d'une grande utilité.

Actuellement (fin 2010), je continue dans la recherche en effectuant un post-doctorat au sein d'un laboratoire CEA, sur la reconstruction tomographique dynamique d'acquisitions cerveaux. Ces images permettent de visualiser au cours du temps, diverses fonctions du cerveau humain. Elles trouvent des applications entre autres, dans le diagnostic de la maladie d'Alzheimer, de Parkinson et de la schizophrénie.

En 2014, Simon Stute a réussi le concours de recrutement du CEA, il est ingénieur chercheur à l'Institut d'Imagerie Biomédicale dirigée par Sébastien Jan.